Die Bobritzsch ist zwischen der Ringelmühle und Kleinbobritzsch nicht begradigt worden, so dass sie nach wie vor von einem Gebüschsaum mit Schwarz-Erle, Weiden, Esche, Berg- und Spitz-Ahorn, Birke sowie Gewöhnlicher Traubenkirsche eingefasst wird, und auch Frühlingsblüher, wie Hohe Schlüsselblume, Busch-Windröschen und Sumpf-Dotterblume sind noch vorhanden. Wenig beeinflusste Talabschnitte enthalten Feuchtwiesen mit Scharfem Hahnenfuß, Wiesen-Knöterich, Wiesen-Schaumkraut, Kuckucks-Lichtnelke und Alantdistel. Im Gegensatz zum Gimmlitztal ist die Rote Pestwurz im Bobritzschtal selten. Entlang des Bachs wuchert im Sommer heute stattdessen das Drüsige Springkraut und verdrängt die einheimische Uferflora. Die Ausbreitung anderer Neophyten (z.B. Japanischer Knöterich) hält sich bisher in Grenzen. Die beim Hochwasser 2002 entstandenen Schotterfluren wurden größtenteils beräumt, so dass die damals entstandenen "Pioniergesellschaften" wieder verschwunden sind.
Die Bobritzsch war früher Salmonidengewässer, und auch die empfindliche Westgroppe fehlte nicht. Durch die hohe Abwasserbelastung (besonders in den 1970er Jahren) starben die Forellen praktisch aus. Abhilfe brachte erst die Abwasserkanalisation in den 1990er Jahren. Doch dann haben das Hochwasser 2002 und die fast völlige Austrocknung 2003 wiederum zum fast völligen Verschwinden der Forelle geführt. Die Groppe fehlt heute, und auch die früher häufig an der Unterseite der Steine festgehefteten Köcherfliegenlarven sind selten.
Ungünstig entwickelt hat sich in den letzten Jahrzehnten die "Königswiese", die ca. 500 m² am rechten Bobritzschhang oberhalb der Schafbrücke umfasst. Hier findet man neben dem Steinbruch und dem alten "Buttersteig" einen schmalen, trockenen Waldstreifen mit reich gestaffeltem Waldrand (Trauben- und Stiel-Eiche, Hainbuche, Rot-Buche, Berg-Ahorn, Birke, Weißdorn und Schlehe), in der Krautschicht mit Maiglöckchen, Schattenblümchen, Weißwurz und Kriechendem Günsel. Daran schließt sich die "Königswiese" mit wechselfeuchten Standorten sowie einer kleinen Bärwurz-Wiese am oberen Waldrand an (früher mit Arnika). Ein Wasserriss teilt die Wiese in Längsrichtung. Diese engräumig wechselnden Standortbedingungen brachten für diese mittlere Höhenlage (535 - 570 m üNN) mehrere Wiesentypen hervor. Die intensive Beweidung der Königswiese seit den 1970er Jahren hat die ursprüngliche Vegetation fast völlig zerstört. Heute kommen hier noch die relativ robuste Alantdistel neben Kohldistel, Mädesüß, Flatterbinse und Sumpf-Kratzdistel vor, daneben Stumpfblättriger Ampfer, Große Brennnessel, Hohlzahn sowie ein Massenbestand von Drüsigem Springkraut an der Straßenböschung. Da es hier bei sommerlichen Starkregen wiederholt zu Schlammabgängen bis auf die Talstraße kam, hat man hier eine "Wildbachverbauung" angelegt, die sich recht gut ins Landschaftsbild einfügt.